Вся полнота Церкви призвана к миссионерскому служению. Церковь называется апостольской, то есть обращенной к миру, посланной в мир Спасителем нашим Иисусом Христом (латинское «missio» – с греческого «αποστ?λλω» (отправлять, посылать)). Первоначальное значение миссии – проповедь веры среди нехристиан, распространение Царствия Божия в мире и созидание новых Церквей. Сейчас под миссией принято понимать направление миссионеров (проповедников) в определенные страны и их деятельность, а также особое служение, направленное на воцерковление формальных христиан.
Кроме церковного понимания миссии существует и юридическое определение миссионерской деятельности, которое отражено в проекте федерального закона «О внесении изменений в Федеральный закон «О свободе совести и о религиозных объединениях» и в Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях». «Миссионерской деятельностью в целях настоящего Федерального закона признается деятельность религиозного объединения, направленная на распространение своего вероучения среди лиц, не являющихся членами, участниками, последователями данного религиозного объединения, в целях вовлечения указанных лиц в религиозное объединение, и осуществляемая религиозными объединениями либо уполномоченными ими лицами непосредственно, публично, при помощи средств массовой информации либо другими законными способами». Там же проводятся границы юридического понимания миссии. «Не является миссионерской деятельность религиозного объединения в пределах зданий и сооружений религиозного назначения и относящихся к ним территорий, иных мест, предоставленных на постоянной основе данному религиозному объединению для совершения богослужений, других религиозных обрядов и церемоний, мест паломничества, учреждений и предприятий религиозных организаций, кладбищ и крематориев».
Миссионерское служение – это дело всей Церкви. На епархиальном уровне существует такое миссионерское учреждение, как Епархиальное Управление. В его структуре есть отделы, которые занимаются определенными направлениями миссионерского служения. Миссией в сфере образования занимается Отдел религиозного образования и катехизации, взаимодействием с вооруженными силами занимается Отдел по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными учреждениями, тюремным служением занимается Отдел по тюремному служению, больничное служение осуществляет Отдел по церковной благотворительности и социальному служению, работой с молодежью занимается Отдел по делам молодежи. Согласно такому разделению, епархиальному миссионерскому отделу остаются только те направления миссионерской деятельности, которые не охвачены спецификой других епархиальных отделов.

Таких направлений пять:
1. Противодействие сектам,
2. Миссия среди иноверцев, неверующих, и невоцерковленных людей,
3. Противодействие расколам,
4. Апологетическая миссия,
5. Подготовка миссионерских кадров.

Противодействие сектам
В осуществлении противосектантской деятельности важным видится создание определенных условий, при которых риск попадания человека в секту минимален. Необходимо снизить, а в идеале исключить приток людей в подобные организации. Кроме этого, необходимо построить конструктивный диалог с адептами сект с целью приобщения их к Православию.
Можно выделить четыре главных аспекта антисектантской деятельности:
1. Профилактика-просвещение через распространение разоблачительной информации о сектах.
2. Диалог с представителями сект.
3. Реабилитация бывших членов сект.
4. Юридическое противостояние сектам.

Миссионерский отдел в этом направлении может использовать следующие методы работы:
— Сбор информации о деятельности (название, место, количество, активность) сект на территории епархии (осуществляют представители на местах);
— Сбор информации о действующих на территории епархии сектах, подготовка разоблачительных материалов и распространение их доступными способами (епархиальный миссионерский отдел);
— Создание базы противосектантских материалов;
— Проведение обучающих семинаров в грамотном, аргументированном противостоянии прозелитической деятельности сект;
— Открытие видеолекториев для просмотра апологетических и антисектантских видеоматериалов»;
— Организация и проведение конференций противосектантской направленности; Установление связи с Центром свщмч. Иринея Лионского;
— Создание епархиального информационно-консультативного центра, как подразделения миссионерского отдела епархии;
— Осуществление всех видов контактов со светскими СМИ;
— Создание журналистского актива из людей, сочувствующих нашим задачам и способных квалифицированно и грамотно писать о деятельности сектантов
— Проработка системы осуществления контактов с руководителями сектантских организаций, чтобы эти контакты не были истолкованы двусмысленно;
— Организация и проведение диспутов с сектантами;
— Создание реабилитационного центра по примеру уже существующих;
— Создание консультационной телефонной службы по проблемам сектантства или «телефона доверия»;
— Использование юридических методов защиты от сектантской пропаганды (защита несовершеннолетних детей, имущества и т. п.);
— Взаимодействие с государственными органами и со всеми ветвями власти на всех уровнях;
— Изучение опыта противосектантской миссии других епархий.

Противосектантской работе должно сопутствовать раскрытие положительного содержания Православия, в котором воплощена полнота истины, и которое является путем к спасению.
«В деле миссионерской проповеди сектантам следует строго придерживаться христианского принципа: «Обличай грех и заблуждение, но люби грешника», и не допускать личных агрессивных действий в отношении к сектантам».

Миссия среди иноверцев, неверующих и невоцерковленных людей
Большинство населения Ярославской области относит себя к Православию по факту крещения, но как правило религиозной жизни не ведет. Есть небольшое количество людей, традиционно относящих себя к исламу. Среди населения встречаются языческие верования. Многие люди никак не проявляют своей религиозной принадлежности, однако забивают свои головы разнообразной оккультной информацией, обращаются к экстрасенсам и бабкам. Есть люди, которые приехали из других регионов и стран для работы или учебы, и привезшие с собой свои религиозные убеждения. Они все в совокупности представляют собой поле для внешней миссии, осуществляемой всей полнотой Православной Церкви и епархиальным миссионерским отделом в частности.

В этом направлении миссии можно использовать следующие методы работы:
— Сбор информации о деятельности (название, место, количество, активность) исламских общин, языческих собраний, экстрасенсов, гадалок, народных целителей, бабок и знахарей на территории епархии (осуществляют представители на местах);
— Изучение миссионерской поля епархии;
— Организация диалога с представителями ислама;
— Организация и проведение диспутов с мусульманами;
— Выявление иноверческих групп на территории епархии и установление с ними контактов с целью обращения их в Православие;
— Выработка системы перехода человека из иной веры или мировоззренческой системы в Православие с использованием чинов присоединения к православию;
— Организация и проведение семинара по уличной миссии с привлечением специалистов из более успешных миссионерских отделов;
— Использование уличной миссии как формы обращения ко всем слоям населения Ярославии;
— Выработка рекомендаций для организация общинной жизни приходов;
— Организация и проведение миссионерских богослужений;
— Организация и проведение миссионерских богослужений в населенных пунктах не имеющих храмов с использованием шатровых переносных храмов;
— Организация и проведение семейных лагерей и походов для неверующих и невоцерковленных людей;
— Подготовка материалов, разоблачающих деятельность экстрасенсов, гадалок, народных целителей, бабок и знахарей и распространение их всеми доступными способами;
— Подготовка материалов, разоблачающих все виды искажений Православной веры.

Противодействие расколам
В этом направлении миссии можно использовать следующие методы работы:
— Сбор информации о деятельности (название, место, количество, активность) раскольнических групп на территории епархии (осуществляют представители на местах);
— «Противодействовие раскольническим группировкам, подрывающим авторитет священноначалия»;
— Изучение раскольнических заблуждений, представленных на территории епархии;
— Распространение информации по всем благочиниям и монастырям епархии, обличающей заблуждения раскольников и дающей трезвую оценку раскольническим действиям и настроениям в свете православного богословия и церковного права;
— Изучение миссионерского опыта противостояния расколам и раскольническому мировоззрению;
— Выявление раскольнических настроений в приходской жизни;
— Проведение разъяснительных бесед со священнослужителями, не имеющими духовного образования;
— Привлечение священнослужителей и активных мирян к получению систематического духовного образования в различных его формах.

Апологетическая миссия
В этом направлении миссии можно использовать следующие методы работы:
— Выявление и анализ нападок на Православие;
— Изучение миссионерского опыта апологетики;
— Организация и проведение апологетических дискуссий;
— Подготовка и размещение в СМИ статей апологетического характера;
— Подготовка апологетических видеосюжетов и распространение их;
— Привлечение журналистов, способных грамотно написать апологетические статьи.

Подготовка миссионерских кадров
В этом направлении миссии можно использовать следующие методы работы:
— Организация и проведение долгосрочных миссионерских курсов для мирян;
— Организация и проведение образовательных семинаров для сотрудников Миссионерского отдела епархии;
— Глубокая проработка учебных программ по предметам миссионерских курсов;
— Проведение ежемесячных встреч с активистами отдела для обмена опытом и координации деятельности каждого сотрудника;
— Подготовка методических материалов по всем направлениям миссионерской деятельности, учитывая специфику региона;
— Привлечение сотрудников к прохождению дистанционным миссионерских курсов;
— Изучение опыта других епархий по подготовке миссионерских кадров.

Кроме использования вышеперечисленных методов работы «в задачу епархиального миссионерского отдела входит:
1. создание годового календаря миссионерских предприятий;
2. контроль над выполнением миссионерской работы на местах;
3. анализ ситуации в тех или иных регионах епархии; формирование фонда поддержки миссионерской деятельности;
4. распределение средств для осуществления миссионерских мероприятий;
5. сбор и формирование методических материалов, баз данных, пособий, миссионерской литературы и прочего».